Suite au déclenchement du djihadisme au Sahel, certaines communautés ont recours à la création de milices d'autodéfense afin de répondre à la menace, notamment au Mali et au Burkina Faso. Ils justifient leur décision par le manque de capacité de l'État à leur assurer la sécurité. Alors que le Mali a une longue tradition de formation de groupes armés, en particulier chez les Touaregs, les milices d'autodéfense sont un phénomène relativement nouveau. Les milices connues jusqu'alors au Mali ont participé à la défense des régions centrales du Mali, adjacentes au territoire revendiqué par les Touaregs, les Azawad. Ganda Koy, Ganda Izo et le Mouvement pour la défense de la patrie sont quelques exemples de milices qui ont été créées pendant les révolutions touaregs des années 1990, 2000 et 2012. Ces groupes ont rejoint différentes communautés non touareg, telles que les Bambara, les Peuls, les Songhaï et les Bozos, qui vivaient dans le centre du Mali. Ces milices ont été démobilisées une fois la menace passée, en s'intégrant dans les accords de paix.

Avec l'émergence de groupes djihadistes, la population du centre du Mali et du nord du Burkina Faso est confrontée à un nouveau type de menace jusqu'alors inconnu, le terrorisme djihadiste. Les groupes d'autodéfense apparaissent lorsque l'État n'est pas en mesure d'assurer la sécurité de la population locale, de sorte qu'ils sont contraints de s'organiser pour se défendre contre un ennemi ou la criminalité commune. Ces milices sont formées pour de courtes périodes, généralement « ad hoc » parmi les jeunes des villages, pour faire face à la menace imminente. Lorsque la menace se prolonge, ils s'organisent et s'installent dans les villes les plus reculées.

Le centre du Mali est l'une des régions où le taux d'hétérogénéité ethnique et communautaire est le plus élevé. Malgré le fait que les communautés vivent en paix depuis des générations, il existe des tensions intercommunautaires, notamment entre les dogon et les peuls. Les tensions sont souvent liées à l'accès aux ressources naturelles limitées de la région, telles que la terre et l'eau. Ces mêmes tensions se produisent entre les communautés Mossi et Peul au Burkina Faso. Traditionnellement, la plupart des conflits étaient résolus par la médiation des chefs de communauté ; cependant, suite à la crise de sécurité causée par la révolution touarègue et le djihadisme, les jeunes des communautés ont eu accès à des armes en provenance du nord du Mali et de la Libye. Les groupes djihadistes du centre du Mali (Katiba Macina) et du nord du Burkina Faso (Ansaroul Islam) ont profité de ces tensions communautaires pour recruter des éleveurs peuls nomades. Pour d'autres communautés comme les Dogon, les tensions communautaires antérieures avec les Peuls se sont mêlées à la peur et à l'insécurité causées par leur appartenance à des groupes djihadistes, créant un climat de méfiance entre les deux communautés.

Fin 2016, une des milices Dogon qui marquera un avant et un après dans la crise sécuritaire au centre du Mali, Dan Na Ambassagou (Chasseurs qui ont confiance en Dieu), est née. Cette milice accuse les Peuls de soutenir les djihadistes de Katiba Macina. Dans leur récit, ils considèrent que tous les Peuls sont des terroristes ou des partisans de ceux-ci. Les messages de Theodore Somboro, ancien chef des groupes d'autodéfense Dogon, dans lesquels il mobilise la population locale pour boycotter les services et produits peuls et pour qu'elle cesse de faire confiance à leur chair et à leur sang, sont un exemple d'une telle idéologie.  Suite à ces messages, il a été tué par des djihadistes présumés de Katiba Macina en 2016, et depuis lors, les représailles contre la population peul se sont multipliées car son meurtre a renforcé le message de l'activiste, provoquant un sentiment de vengeance dans les communautés dogon.

Un processus similaire a eu lieu au Burkina Faso avec les milices Mossi de Koglweogo, qui ont été formées en 2015 pour lutter contre l'insécurité et la criminalité de droit commun dans le nord du pays. Lorsque l'Ansaroul Islam a été formé en 2016, cette milice s'est attachée à mettre fin à la menace djihadiste. Au Mali comme au Burkina Faso, chaque fois qu'une attaque djihadiste a eu lieu dans la région, ils ont répondu par des représailles contre les Peuls qu'ils considéraient comme des djihadistes ou des sympathisants, mais qui étaient souvent des civils.

Au début, les gouvernements malien et burkinabé ne s'opposaient pas à la création de ces milices, tout en comprenant qu'elles partageaient le même objectif qu'eux, la lutte contre le terrorisme, et qu'elles leur étaient même utiles en leur fournissant des renseignements sur le terrain. Le problème avait commencé lorsque ces milices étaient devenues incontrôlables pour les forces de sécurité de l'État, car elles avaient cessé de faire la distinction entre les civils peuls et les terroristes, massacrant des villages entiers. Un exemple est le massacre qui s'est produit à Ogossagou (centre du Mali) en mars 2019, lorsque Dan Na Ambassagou a attaqué un village peul, tuant plus de 150 personnes en quelques heures. Au Burkina Faso, des événements similaires ont eu lieu à Yirgou, où 100 Peuls ont été tués par la milice d'autodéfense de Koglweogo. En réponse, les groupes djihadistes et les milices d'autodéfense peules ont attaqué les villages dogon (au Mali) et mossi (au Burkina). Un exemple est l'attaque d'une milice d'autodéfense peul où 35 Dogon ont été tués à Sobane-Da en juin 2019. Les groupes djihadistes ont également riposté en tuant 38 Dogons dans les villages de Yoro et Gangafani, très proches de la frontière avec le Burkina Faso.

La composante ethnique très marquée de ces attaques suscite l'inquiétude des organisations non gouvernementales. Les attaques des milices dogon et mossi ne sont pas pour se défendre contre les djihadistes, mais sont des massacres de villages entiers qui incluent l'incendie des maisons, du bétail et des champs. Les représailles des groupes peuls suivent la même dynamique. Après le massacre d'Ogossagou, Adama Dieng, le conseiller spécial des Nations unies pour la prévention du génocide, a mis en garde contre l'augmentation de la violence intercommunautaire et l'ethnicité du conflit. Suite aux rapports de l'International Crisis Group et de Human Rights Watch, nous commençons à voir une dynamique de nettoyage ethnique dans le centre du Mali et le nord du Burkina Faso, avec des discours haineux et vengeurs.

Alors que la communauté internationale et les forces armées nationales combattent la menace djihadiste, la violence intercommunautaire a atteint un point tel qu'en 2019, les milices d'autodéfense ont tué plus de civils que les groupes djihadistes. Bien que le gouvernement du Mali ait initialement soutenu les actions de ces milices, à la suite du massacre d'Ogossagou, son discours officiel a changé, condamnant publiquement les attaques et tentant de se dissocier de ses relations antérieures avec elles. Cependant, au Burkina Faso, une loi sur les « volontaires pour la défense de la patrie » a été adoptée en janvier dernier. Cette loi vise à former des volontaires pendant deux semaines afin qu'ils puissent protéger leurs villages de la menace djihadiste. Étant donné la formulation vague de cette loi concernant les profils qui pourraient participer au programme, certains membres des milices déjà constituées comme celle de Koglwogo, qui sont les protagonistes de massacres contre des civils, pourraient s'inscrire pour recevoir une formation militaire et des armes de l'État.

Les gouvernements nationaux et la communauté internationale doivent concentrer tous leurs efforts pour assurer la protection de tous les civils, et pas seulement des victimes des attaques terroristes. C'est pourquoi une stratégie de lutte contre les discours de haine ethnique et la violence communautaire est essentielle, ce qui implique de poursuivre les chefs des milices d'autodéfense aussi durement que les chefs du jihad.